Мочеполовая система, или Мочеполовой аппарат (лат. Apparatus Urogenitalis)— комплекс органов репродуктивной и мочевыделительной систем, анатомически, функционально и эмбриологически связанных между собой. Некоторые органы мочеполовой системы выполняют и репродуктивную, и мочевыделительную функцию (например, уретра у мужчин).

Мочевыделительные системы у мужчин и женщин состоят из одних и тех же элементов: в брюшной полости это пара почек и пара мочеточников, а к тазовым мочевыделительным органам относятся мочевой пузырь и мочеиспускательный канал, но из-за различий репродуктивной роли мужчин и женщин их тазовые органы в целом отличаются у каждого из полов структурой и расположением.

У мужчин мочеиспускательный канал более длинный и узкий, чем у женщин, так как большая его часть проходит в теле мужского полового члена, репродуктивной функцией которого является доставка семенной жидкости внутрь женского трубчатого органа — влагалища, скрытого в полости малого таза. И в мужской мочеиспускательный канал открывается как мочевой пузырь, так и выводные протоки половых желез — яичек, вырабатывающие мужские половые клетки — сперматозоиды. Мужская уретра проходит через отсутствующую у женщин предстательную железу (простату), добавляющую к сперматозоидам жидкую составляющую семенной жидкости. Моча и семенная жидкость у мужчин не смешиваются благодаря особому анатомо-физиологическому механизму переключения. При патологических разрастаниях простаты (её аденоме, характерной для пожилого возраста) верхняя часть мужского мочеиспускательного канала сдавливается, и отток мочи из мочевого пузыря (мочеиспускание) может существенно нарушаться, а застой мочи в организме приводит к развитию воспаления.

У женщин мочеиспускательный канал служит только для выведения мочи. Он более короткий и широкий, чем мужской и из-за этого легче подвергается инфицированию извне, что может приводить к развитию воспаления мочевого пузыря (циститу). Женская уретра скрыта в мягких тканях малого таза, но её наружное отверстие находится в области наружных половых органов рядом с наружным отверстием женской репродуктивной системы — входом во влагалище — в преддверии влагалища. Всё преддверие прикрыто малыми половыми губами, в норме свободно раздвигающимися для мочеиспускания, но при их функциональных сращениях (синехиях половых губ), вызванных дефицитом женского полового гормона, мочеиспускание бывает затруднено, что может требовать помощи гинеколога. Близость к друг другу у женщин наружных отверстий мочеиспускательного канала, половых органов и кишечника может приводить к их взаимному инфицированию и требует соблюдения норм гигиены.

Может встречаться и врождённая патология, общая для мочевыделительной и репродуктивной систем, — например нарушения половой дифференциации (гермафродитизм или интерсексуальность), а также эписпадии или гипоспадии — расщепления стенки мочеиспускательного канала и полового члена или нахождения его наружного отверстия в нетипичной локализации, что влияет на функционирование обоих подсистем.

Мочеполовая система человека находится в поле зрения нескольких медицинских дисциплин. Функционированием и болезнями почек, мочевыделительной системы у обоих полов и их терапевтическим лечением призваны заниматься нефрологи, а также урологи, в обязанности которых входит и хирургическое лечение. Здоровьем и болезнями мужской репродуктивной системы занимаются урологи, в частности — урологи-андрологи, а женской — гинекологи.